กล้ามเนื้อหัวใจอักเสบมีสาเหตุได้หลากหลายมาก ได้แก่
- การติดเชื้อ โดยมากเป็นเชื้อไวรัส (ซึ่งอาการช่วงแรกก็เหมือนหวัดทั่วไป) แล้วเชื้อเกิดเดินทางมาที่หัวใจ , นอกจากนี้เชื้อแบคทีเรียบางชนิด เช่นในกลุ่ม Ricketsial Mycoplasma ก็ทำให้เกิดอาการได้ (แต่กลุ่มนี้มักจะมีไข้สูงนำมาก่อน) หรือถ้าเป็นอาการของหัวใจรูมาติกก็ทำให้เกิดกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบได้
- สารเคมี เช่นสารหนู โลหะหนัก ยาบางชนิด ยาเคมีบำบัด พิษคาร์บอนมอนออกไซด์ ยาเสพติดบางชนิด
- การได้รับรังสีที่ทรวงอก
- การแพ้ยารุนแรง การแพ้พิษที่รุนแรง
- โรคผิดปกติของภูมิคุ้มกัน หรือโรคเนื้อเยื่อเกี่ยวพันต่างๆ
