สาเหตุที่ทำให้ฟันมีสีเหลืองดำผิดปกติ ที่พบบ่อยได้แก่ บุหรี่ สีผสมในอาหาร เชื้อแบคทีเรีย มักจะทำให้เกิดคราบเหลืองดำที่ส่วนผิวของฟัน ซึ่งสามารถขัดออกได้
สาเหตุสำคัญที่ทำให้ฟันเหลืองดำอย่างถาวร ได้แก่ เตตราไซคลีน ดอกซีไซคลีน และฟลูออไรด์
เด็กที่มีฟันเหลืองดำ เนื่องจากเตตราไซคลีนหรือดอกซีไซคลีน มักมีประวัติว่า มารดากินยานี้ขณะตั้งครรภ์ หรือเด็กกินยานี้เมื่ออายุต่ำกว่า 8 ปี ยานี้จะเคลือบอยู่ในเนื้อฟันอย่างถาวร ทำให้เป็นสีเหลืองดำ หรือออกกระดำกระด่าง ขัดสีอย่างไรก็ไม่ออก
ส่วนฟันเหลืองดำจากฟลูออไรด์ (dental fluorosis) เกิดจากการกินสารฟลูออไรด์ในขนาดเกินไป (จากน้ำดื่มที่มีฟลูออไรด์สูงกว่า 2 ส่วนในล้าน หรือได้รับฟลูออไรด์ในรูปของยามากกว่า 1 มก./วัน) ในช่วงอายุตั้งแต่แรกเกิดจนถึง 14 ปี ซึ่งกำลังมีการเจริญเติบโตของหน่อฟันอ่อน ทำให้ฟันเปลี่ยนสีเป็นสีขาวขุ่นหรือสีน้ำตาล หากหน่ออ่อนเจริญเติบโตเต็มที่แล้ว ไม่ว่าจะได้รับฟลูออไรด์มากเท่าไร ก็ไม่ทำให้ฟันเหลืองดำ