1.ต่อมไทรอยด์อักเสบเรื้อรังจากภูมิต้านทานตนเอง (chronic autoimmune thyroiditis/Hashimoto’s thyroiditis) เกิดจากปฏิกิริยาภูมิต้านตนเองอ โดยร่างกายมีการสร้างสารภูมิต้านทานต่อไทรอยด์ (antithyroidantibody) ซึ่งเกิดขึ้นโดยไม่ทราบสาเหตุ พบมากในผู้หญิงวัยกลางคนและผู้สูงอายุ อาจมีประวัติว่ามีพ่อแม่พี่น้องเป็นโรคนี้ด้วย และพบบ่อยในผู้ที่มีความผิดปกติ ของสารพันธุกรรม เช่น กลุ่มอาการดาวน์ (Down’s syndrome) กลุ่มอาการเทอร์เนอร์ (Turner’s syndrome)
อาจพบในหญิงหลังคลอด คือมีอาการหลังคลอดบุตร ภายใน 1-6 เดือน เรียกว่า ต่อมไทรอยด์อักเสบหลังคลอด (postpartum thyroiditis)
โรคนี้ยังอาจพบร่วมกับภาวะภูมิต้านตนเอง อื่น ๆ เช่น เบาหวาน โรคแอดดิสัน เอสแอลอี โรคปวดข้อรูมาตอยด์ ภาวะขาดพาราไทรอยด์ ไมแอสทีเนีย เกรวิส ผมร่วงเป็นหย่อมไมทราบสาเหตุ เป็นต้น
นอกจากนี้ ยังพบว่ายาบางชนิด เช่น อะมิโอดาโรน (amiodaronr) อินเตอร์เฟอรอน (interferon) เป็นต้น อาจกระตุ้นให้ร่างกายสร้างสารภูมิต้านทานต่อไทรอยด์ ทำให้เกิดการอักเสบของต่อมไทรอยด์ตามมาได้
2.ต่อมไทรอยด์อักเสบจากไวรัส มักเกิดขึ้นฉับพลันหลังเป็นโรคติดเชื้อไวรัส เช่น โรคติดเชื้อทางเดินหายใจส่วนต้น คางทูม หัด ไข้หวัดใหญ่ เป็นต้น มักมีอาการอยู่นาน 2-3 เดือน แล้วหายไปได้เอง เรียกว่า ต่อมไทรอยด์อักเสบชนิดกึ่งเฉียบพลัน (subacute thyroiditis) พบในผู้หญิงมากกว่าผู้ชายประมาณ 3-5 เท่า และพบบ่อยในช่วงอายุ 20-40 ปี
3. สาเหตุอื่น ๆ ซึ่งพบได้น้อย เช่น
ต่อมไทรอยด์อัเสบชนิดติดเชื้อเฉียบพลัน (acute suppurative thyroiditis) เกิดจากการติด เชื้อแบคทีเรีย เช่น สแตฟีโลค็อกคัส สเตรปโตค็อกคัส เป็นต้น มักพบในผู้ป่วยที่มีความผิดปกติของต่อมไทรอยด์ มาแต่กำเนิด (เช่น persistent thyroglossal duct) และผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันต่ำ (เช่น เอดส์)
ต่อมไทรอยด์อักเสบแบบรีเดล (Riedel’s thyroiditis/invasive thyroiditis) มักพบว่ามีภาวะเกิด พังผืด (fibrosis) ที่ต่อมไทรอยด์และอวัยวะอื่นๆ โดยไม่ทราบสาเหตุ มักพบในผู้หญิงวัยกลางตนและผู้สูงอายุ