เกิดจากความผิดปกติที่ถ่ายทอดทางกรรมพันธุ์ทำให้ร่างการเกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้ต่อสารก่อภูมิแพ้ต่าง ๆ เป็นผลให้มีการหลั่งสารเคมีหลายชนิดออกมาทำให้เกิดอาการคัน จาม คัดจมูก น้ำมูกไหล
สารก่อภูมิแพ้ที่พบบ่อย ได้แก่ ละอองเกสร หญ้าวัชพืช สปอร์ของเชื้อราที่อยู่นอกบ้าน ทำให้เกิดอาการกำเริบในบางฤดูกาล ส่วนผู้ที่มีอาการตลอดปีมักเกิดจากสารก่อภูมิแพ้ภายในบ้าน เช่น ไรฝุ่นบ้าน แมลงสาบ สัตว์เลี้ยง ฝุ่นละออง เป็นต้น
นอกจากนี้ยังอาจเกิดจากการแพ้อาหาร (เช่น อาหารทะเล) ซึ่งมักจะพบร่วมกับโรคภูมิแพ้อื่นๆ เช่น หืด ลมพิษ ผื่นคัน ผู้ที่เป็นโรคหวัดภูมิแพ้ มักมีการตอบสนองไวเกินต่อสิ่งกระตุ้น (สิ่งระคายเคือง) เช่น กลิ่นฉุนๆ บุหรี่ ควัน อาหารเผ็ด แอลกอฮอล์ อากาศเปลี่ยน ความชื้น ทั้งนี้โดยไม่เกี่ยวกับปฏิกิริยาภูมิแบบสัมผัสสารก่อภูมิแพ้