ภาวะประจำเดือนไม่เคยมา อาจมีสาเหตุเกี่ยวกับ ความผิดปกติของรังไข่หรือฮอร์โมนในร่างกาย หรืออาจมีความผิดปกติทางโครงสร้าง (กายวิภาค)ของมดลูกหรือช่องคลอด เช่น เยื่อพรหมจรรย์ไม่เปิด ไม่มีมดลูกรังไข่ หรือ ช่องคลอดมาแต่กำเนิด เป็นต้น
แต่ส่วนมากจะมีสาเหตุจากการเจริญเติบโตเป็นสาว (แตกเนื้อสาว) ช้าโดยธรรมชาติโดยไม่มีความผิดปกติใด ๆ เกิดขึ้น และมักจะมีประจำเดือนมาก่อนอายุ ครบ 16 ปี ถ้าเลยจากนี้ไปแล้ว ก็น่าจะมีสาเหตุที่ผิดปกติต่าง ๆ
ภาวะประจำเดือนขาด ที่พบได้บ่อย ก็คือ การตั้งครรภ์ การฉีดยาคุมกำเนิดหลังคลอดบุตร หรือให้นมบุตร ความเครียดทางจิตใจ เป็นต้น ส่วนน้อยอาจ มีสาเหตุจากกลุ่มอาการถุงน้ำรังไข่ชนิดหลายถุง เนื้องอกของต่อมใต้สมองต่อมหมวกไตหรือรังไข่ การผ่าตัดมดลูกหรือรังไข่ทั้ง 2 ข้างโรคซีแฮน โรคคุชซิง ตับแข็ง ภาวะต่อมไทรรอยด์ทำงานเกิน ภาวะไตวายเรื้อรัง ภาวะโลหิตจางรูปร่างผอมหรืออ้วนไปร่างกายอ่อนแอจากการเจ็บป่วย เรื้อรัง เป็นต้น