ส่วนใหญ่เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรียกลุ่มแกรมลบ (ที่พบในลำไส้ของคนเรา) เช่น อีโคไล เคล็บซิลลา สูโดโมแนส เอนเทอโรแบกเตอร์ (enterobacter) เป็นต้น เชื้อโรคเหล่านี้มีมากบริเวณทวารหนัก แล้วปนเปื้อนผ่านเข้าท่อปัสสาวะเข้ามาในกระเพาะปัสสาวะ
อาจพบเป็นภาวะแทรกซ้อนของผู้ป่วยเบาหวานนิ่วกระเพาะปัสสาวะ ผู้ป่วยที่ถ่ายปัสสาวะไม่ได้เนื่องจาก เป็นอัมพาต หรือพบภายหลังการสวนปัสสาวะภาวะ อุดกั้นของทางเดินปัสสาวะ เช่น ต่อมลูกหมากโต มะเร็งต่อมลูกหมาก เนื้องอกกระเพาะปัสสาวะ เนื้องอกมดลูกก้อนเนื้องอกในช่องท้องภาวะตั้งครรภ์ เป็นต้น
ผู้หญิงที่แต่งงานใหม่หรือหลังร่วมเพศ อาจมีอาการ ขัดเบาแบบกระเพาะปัสสาวะอักเสบแพทย์เรียกว่า โรคกระเพาะปัสสาวะอักเสบจากฮันนีมูน (honeymoon’s cystitis) สาเหตุเกิดจากการฟกซ้ำจากการร่วมเพศ แล้วทำให้มีอาการอักเสบของท่อปัสสาวะ