ก้อนนิ่วที่เกิดขึ้นในไต ประกอบด้วยหินปูน (แคลเซียม) กับสารเคมีอื่น ๆ เช่น ออกชาเลต กรดยูริก เป็นต้น การเกิดนิ่วจึงมีส่วนเกี่ยวข้องกับภาวะที่มีแคลเซียมในปัสสาวะมากผิดปกติ ทั้งนี้อาจเป็นเพราะการกินอาหาร ที่มีแคลเซียมสูง การดื่มนมมาก ๆ หรือมีภาวะผิดปกติ อื่น ๆ (เช่น ต่อมพาราไทรอยด์ทำงานมากเกิน ซึ่งทำให้ มีแคลเซียมในเลือดสูง)
นอกจากนี้ ยังพบเป็นโรคแทรกซ้อนของผู้ป่วยโรคเกาต์ ซึ่งมีการขับกรดยูริกออกทางปัสสาวะ
บางกรณีอาจพบเป็นผลข้างเคียงของยา เช่น ยาต้านไวรัสเอดส์ - อินดินาเวียร์ (indinavir) ยาขับปัสสาวะ ฟูโรซีไมด์ ยาแก้ลมชัก - โทพิราเมต (topiramat) ส่วนกลไกของการเกิดนิ่วนั้น ในปัจจุบันยังไม่ทราบแนะชัด เชื่อว่ามีปัจจัยร่วมกันหลายอย่างด้วยกัน เช่น การอยู่ในเขตร้อนที่ร่างกายสูญเสียเหงื่อง่าย (แล้วดื่มน้ำน้อย ทำให้ปัสสาวะมีปริมาณแคลเซียมเข้มข้น) การติดเชื้อในทางเดินปัสสาวะความผิดปกติของไต เป็นต้น
ผู้ที่ชอบกินอาหารที่มีสารออกซาเลตสูง หรือกินวิตามินซีขนาดสูงๆ ซึ่งจะกลายเป็นสารออกซาเลต) ก็อาจเป็นนิ่วได้มากกว่าคนปกติ