เกิดจากเชื้ออหิวาต์ ซึ่งเป็นแบคทีเรียที่มีชื่อว่า วิบริโอคอเลอรา (Vibrio cholerac) เชื้ออหิวาต์มีอยู่หลายชนิด ตัวก่อโรคที่สำคัญในปัจจุบันได้แก่ ชนิดเอลทอร์ (EI Tor) กับวิบริโอคอเลอรา
เชื้ออหิวาต์สามารถมีชีวิตอยู่ได้ทั้งในน้ำเค็มและน้ำจืด คนเราสามารถติดเชื้อชนิดนี้โดยการกินอาหารทะเลแบบดิบ ๆ ดื่มน้ำหรือกินอาหารรวมทั้งน้ำแข็ง ไอศกรีมที่ปนเปื้อนเชื้อโดยมีแมลงวัน หรือมือเป็นสื่อกลางในการนำพาเชื้อ แล้วผู้ติดเชื้อ (ผู้ป่วยหรือผู้ที่เป็นพาหะ) ก็ปล่อยเชื้อออกทางอุจาระไปอยู่ตามดินและน้ำ ซึ่งแพร่กระจายสู่ผู้อื่นในวงกว้างจนเกิดการระบาดได้ นอกจากนี้ อาจติดจากผู้ติดเชื้อโดยการสัมผัสใกล้ชิด เชื้อสามารถติดผ่านมือเข้าไปในปากได้
เชื้ออหิวาต์จะรุกล้ำเข้าไปที่เยื่อบุลำไส้เล็กแล้วปล่อย สารพิษ (ชื่อ cholera toxin) ทำให้ลำไส้เล็กหลั่งน้ำและเกลือแร่ออกมาในอุจจาระจำนวนมาก เกิดอาการถ่ายเป็นน้ำ
ระยะฟักตัว 6 ชั่วโมง ถึง 5 วัน (ส่วนใหญ่ประมาณ 24-48 ชั่วโมง)