อาการจะเกิดหลังจากได้รับเชื้อโดยถูกยุงก้นปล่อง กัดประมาณ 9 – 17 วัน (แต่อาจนานหลายสัปดาห์ หรือหลายเดือนก็ได้) ใน 2 – 3 วันแรก อาจมีอาการไข้ต่ำๆ ปวดศีรษะ ครั่นเนื้อครั่นตัว ปวดเมื่อยตามตัวคล้ายไข้หวัดใหญ่ อาจมีอาการเบื่ออาหาร คลื่นไส้ ปวดท้อง ท้องเดินร่วมด้วย ต่อมาจึงจะมีอาการไข้ยับสั้นเป็นเวลา ซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของมาลาเรีย
อาการจับไข้ แบ่งออกเป็น 3 ระยะ ดังนี้
1. ระยะหนาวสั่น มีอาการหนาวสั่นมากและไข้ เริ่มขึ้น ปวดศีรษะ ผิวหนังซีด อาจมีคลื่นไส้ อาเจียน เบื่ออาหาร ระยะนี้กินเวลา 20 - 60 นาที
2. ระยะร้อน ไข้ขึ้นสูงประมาณ 40
ปวดศีรษะมาก อาจปวดลึกเข้าไปในกระบอกตา หน้าแดง ตาแดง กระสับกระส่ายเพ้อ กระหายน้ำ ชีพจรเต้นเร็ว อาจมีอาการคลื่นไส้อาเจียน ปวดกระดูก ปวดกล้ามเนื้อ ในเด็กอาจชักได้ กินเวลาประมาณ 2 ชั่วโมง (อาจนาน 3-8 ชั่วโมง)
3. ระยะเหงื่อออก จะมีเหงื่อออกซุ่มทั้งตัวไข้จะ ลดลงเป็นปกติ แต่จะรู้สึกอ่อนเพลียและหลับไป กินเวลาประมาณ 1 ชั่วโมง
ผู้ป่วยมาลาเรียชนิดไวแวกซ์ มักจับไข้วันเว้นวันหรือทุก 48 ชั่วโมง เวลาไม่จับไข้จะรู้สึกสบายดี มักจะ คลำได้ม้ามโตในปลายสัปดาห์ที่ 2 ถ้าไม่ได้รับการรักษา จะมีไข้วันเว้นวันอยู่ประมาณ 6 สัปดาห์ถึง 3 เดือน (หรืออาจนานกว่านั้น) แล้วจะหายไปเอง ผู้ป่วยที่ไม่ได้รับการรักษาหรือรักษาไม่ถูกต้อง แม้ว่าไข้จะหายไปแล้วแต่ก็อาจกลับเป็นได้ใหม่หลังจากหารไป 2 – 3 สัปดาห์ หรือ 2 – 3 เดือน แตะอาการจะน้อยกว่าครั้งแรก ผู้ป่วยอาจมีอาการกำเริบเป็นๆ หาย ๆ บ่อย และมักไม่มีภาวะแทรกซ้อนร้ายแรง บางรายอาจกินเวลานานถึง 2 – 3 ปีกว่าจะหายขาด
จึงเรียกว่า มาลาเรียเรื้อรัง
ผู้ป่วยมาลาเรียชนิดฟาลซิพารัม มักจับไข้ทุกวัน หรือทุก 36 ชั่วโมง แต่อาจจับไม่เป็นเวลา อาจจับทั้งวัน หรือวันละหลายครั้ง ระยะไม่จับไข้ก็ยังรู้สึกไม่ค่อยสบาย และอาจมีไข้ต่ำๆ อยู่เรื่อยๆ บางรายอาจมีอาการปวดท้องท้องเดินร่วมด้วย ม้ามจะโตในวันที่ 7 –10 ของไข้
ถ้าได้ รับการรักษาอย่างถูกต้อง ไข้จะลงภายใน 3 – 5 วัน ถ้ารักษาไม่ถูกต้อง อาจมีภาวะแทรกซ้อนร้ายแรงถึงตายได้ จึงเรียกว่า มาลาเรียชนิดร้ายแรง