เกิดจากการติดเชื้อไข้หวัดนกซึ่งเป็นไวรัสไข้หวัดใหญ่ชนิดเอสายพันธุ์เอช 5 เอ็น 1 เชื้อไวรัสสายพันธุ์นี้มีอยู่ในนกน้ำที่การอพยพย้ายถิ่น นกชายทะเล และนกป่า นกเหล่านี้เป็นพาหนะของโรค (ติดเชื้อโดยไม่มีอาการเจ็บป่วย) เป็นส่วนใหญ่ แต่จะปล่อยเชื้อออกมาทาง น้ำลาย น้ำมูก และมูลนก แพร่ให้นกธรรมชาติ นกบ้าน ฝูงสัตว์ปีกตามฟาร์มและบ้านเรือน เช่น ไก่ ไก่ชน ไก่งวง ไก่ต๊อก เป็ด ห่าน เป็นต้น ทำให้เกิดโรคระบาดและ การตายอย่างรวดเร็วของฝูงสัตว์ปีก โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ไก่ที่เลี้ยงตามบ้านและฟาร์มที่เป็นโรงเรือนเปิด ส่วนเป็ดในท้องทุ่งเมื่อมีการติดเชื้อชนิดนี้ส่วนหนึ่งจะป่วยและตาย แต่ส่วนหนึ่งจะเป็นพาหะ (ไม่มีอาการเจ็บป่วย) ซึ่งสามารถแพร่เชื้อให้สัตว์ปีกอื่น ๆ ต่อไป
นอกจากนี้ยังพบว่า เชื้อไข้หวัดนกยังสามารถติดต่อไปยังสัตว์ประเภทเสือ สุนัข แมว และหมู ทำให้สัตว์เหล่านี้ป่วยและตายได้ สำหรับแมวพบว่าสามารถติดต่อจากแมวสู่แมวด้วยกันเองได้อีกด้วย
การติดเชื้อจากสัตว์ปีกมาสู่คน สัตว์ปีกที่ป่วยจะมีเชื้อไวรัสเอช 5 เอ็น1อยู่ในน้ำมูก น้ำลาย น้ำตา และมูลสัตว์ ซึ่งจะปนเปื้อนอยู่ตามตัวของสัตว์ปีกและสิ่งแวดล้อม คนเราสามารถติดเชื้อไข้หวัดนกได้ 2 ทาง ได้แก่
1. การสัมผัสกับสัตว์ปีก (โดยเฉพาะไก่) ที่ป่วยโดยตรง
2. การสัมผัสถูกสิ่งแวดล้อมที่ปนเปื้อนเชื้อใน บริเวณที่เกิดโรคระบาดของสัตว์ปีก เช่น ดิน กรงหรือ เล้าสัตว์ น้ำหรืออาหารที่ป้อนสัตว์ เป็นต้น
เชื้อจะติดมากับมือของผู้ป่วย เมื่อเผลอใช้นิ้วมือแยงตา แยงจมูก เชื้อก็จะเข้าสู่ร่างกายทางเยื่อบุตา และเยื่อจมูก
ระยะฟักตัว 2 – 8 วัน (เฉลี่ย 4 วัน)
กลุ่มคนที่เสี่ยงต่อการเป็นโรคนี้ ได้แก่ผู้ที่คลุกคลีสัมผัสใกล้ชิดกับไก่ที่ป่วย หรืออยู่ในบริเวณที่มีการระบาดของไข้หวัดนกในฝูงสัตว์ปีก เช่น ผู้ที่เลี้ยงไก่ ทำงานในฟาร์มไก่ ขนย้ายไก่ ชำแหละไก่ เด็กที่เล่นคลุกคลี กับไก่ ผู้ที่ทำหน้าที่ทำลายสัตว์ปีก เป็นต้น
การติดเชื้อจากคนสู่คน แบบไข้หวัดใหญ่นั้นเกิด ได้ยาก จะต้องมีการสัมผัสอย่างใกล้ชิด เช่น แม่ดูแลลูก ที่ป่วย โดยการสัมผัสน้ำลายหรือเสมหะของผู้ป่วย และการติดต่อจะสิ้นสุดที่ผู้ติดเชื้อคนที่ 2 (เช่น แม่ที่ติดเชื้อ จากลูก) ไม่ติดต่อให้คนที่ 3 ต่อไป
แต่เกรงกันว่า เชื้อไข้หวัดนกกลายพันธุ์โดย การแลกเปลี่ยนสารพันธุ์กรรมระหว่างไวรัสไข้หวัดนกกับ ไวรัสไข้หวัดใหญ่ของคน เมื่อคนหรือหมูติดเชื้อไวรัสทั้ง 2 ชนิดพร้อมกัน หากเกิดการกลายพันธุ์ก็สามารถติด จากคนสู่คนได้ง่าย และอาจมีการระบาดรุนแรงดังที่เคย เกิดขึ้นในอดีต (ในปี พ.ศ. 2461 – 2462 มีการระบาดใหญ่ ของไข้หวัดใหญ่สเปน ซึ่งคร่าชีวิตผู้คนทั่วโลกราว 20 - 40 ล้านคน เกิดจากการกลายพันธุ์ของไวรัสไข้หวัดใหญ่โดย การแลกเปลี่ยนสารพันธุกรรมในหมู)