มีอยู่ 4 กลุ่มทางเลือกด้วยกัน คือ
- การใช้ยา เช่น ยาคอร์ติโคสเตอรอยด์ (Corticosteroids)
- การจัดการด้านอาหาร
- การดูแลให้คำแนะนำ การประคับประคองทางอารมณ์
- การผ่าตัด
เป้าหมายหลักที่สำคัญของการรักษาคือการบรรเทาอาการของโรค (เช่น ท้องเสีย ปวดท้อง การเสียเลือดทางอุจจาระ) อาการข้างเคียงที่เกิดขึ้น (เช่น ฝี ฝีคัณฑสูตร) และป้องกันการกลับเป็นซ้ำได้ สิ่งสำคัญ คือ การงดสูบบุหรี่ ผู้ป่วยที่งดสูบบุหรี่ได้จะทำให้การเกิดกลับเป็นซ้ำของโรคลดลงร้อยละ 60 ภายในช่วงเวลา 2 ปี
อาหารไม่ได้เป็นสาเหตุของการเกิด IBD แต่มีส่วนทำให้อาการของโรคแย่ลงขณะที่มีอาการกำเริบ เป้าหมายของภาวะโภชนาการสำหรับผู้ป่วย IBD จึงอยู่ที่การจัดการแบบแผนการบริโภคอาหารเพื่อลดอาการต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยอาหาร ในขณะเดียวกันก็รักษาระดับสารอาหารที่จำเป็นเอาไว้ แพทย์จะประเมินสภาวะทางโภชนาการเพื่อดูว่าผู้ป่วยได้รับปริมาณพลังงาน วิตามิน และเกลือแร่เพียงพอหรือไม่ หากผู้ป่วยไม่ได้รับสารอาหารอย่างเพียงพอ แพทย์อาจแนะนำให้ผู้ป่วยใช้ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารประเภทอาหารเหลว เป็นต้น